ألزمت رئاسة الجمهورية في مرسوم رئاسي جديد المجلس الإسلامي الأعلى بفتح فضاءات للتواصل عبر الأنترنت حول المستجدات التي تهم الأمة عن طريق تسخير الوسائل المناسبة للمتابعة والتصحيح عند الاقتضاء، حيث يعد المجلس أعلى هيئة دينية مختصة بالفتوى في الجزائر في ظل غياب مفتي للجمهورية، فيما أبقى على حق رئيس الجمهورية في إخطار المجلس حول إصدار فتاوى شرعية في مختلف مجالات الفقه ويبدي رأيه كتابيا بالنظر إلى تعاليم الدين. المرسوم الرئاسي الذي يخص تنظيم المجلس الإسلامي الأعلى وتسييره الذي صدر في العدد الأخير من الجريدة الرسمية ملغيا بذلك مرسوم 1998 يحدد أن المجلس هو مؤسسة استشارية توضع لدى رئيس الجمهورية تتمتع بالاستقلالية المالية واستقلالية التسيير، ورغم أن المهام بقيت نفسها عموما إلا أن المرسوم الجديد يحدد مهمة وضع الإسلام في مأمن من كل توظيف سياسي بعدما كان الأمر مختصرا في المرسوم القديم على حمايته من الحزازات السياسية، كما تتولى الهيئة في إطار المهام الحث على الاجتهاد وترقيته وإبداء الحكم الشرعي وتطوير كل عمل من شأنه أن يشجع ويرقي مجهود التفكير والاجتهاد مع جعل الإسلام في مأمن من كل توظيف سياسي وذلك للتذكير بمهمته العالمية والتمسك بمبادئه الأصيلة، إذ هي تنسجم تماما مع المكونات الأساسية للهوية الوطنية والطابع الديمقراطي والجمهوري للدولة، كما ينص المرسوم الجديد الذي ذكر بأن تعيين الأعضاء وإنهاء مهامهم تكون بمرسوم رئاسي في ظل شغور عدد من المناصب بسبب وفاة أعضاء سابقين في المجلس ولم يمس التعيين مؤخرا إلا منصب الرئيس التكفل باعتباره مؤسسة وطنية مرجعية بكل المسائل المتصلة بالإسلام التي تمكن من تصحيح الإدراكات الخاطئة وإبراز أسسه الحقيقية وفهمه الصحيح والوفي والتوجيه الديني ونشر الثقافة الإسلامية من أجل إشعاعها في الداخل والخارج وتشجيع تبادل المعلومات المتعلقة بالدين الإسلامي وحوارات الأديان بمختلف وسائل الاتصال مع المؤسسات والدول الأجنبية وتوطيد علاقات التعاون مع الهيئات المماثلة في العالم وتنظيم ندوات ومؤتمرات محليا ووطنيا حول الفكر الإسلامي. أما في الشق المتعلق بالتكوين، فإن المرسوم الجديد يكلف المجلس الإسلامي الأعلى دورات تكوينية بالتنسيق مع القطاعات المعنية لتعزيز كفاءات ومهارات الأئمة ومدرسي التربية الإسلامية في مؤسسات التربية والتعليم العمومية والخاصة وملتقيات دورية لفائدة مديري الشؤون الدينية والأوقاف والمفتشين بالتنسيق مع الوزارة، فيما يمنح للمجلس إمكانية الاستعانة بشخص مناسب وكفؤ من أجل تنويره في أي مسألة.