أثار قرار محمد حسني مبارك رئيس جمهورية مصر العربية بتعيين الدكتور احمد الطيب خلفا للشيخ طنطاوي شيخا للأزهر، تساؤلات عديدة تركزت في معظمها حول أهم الأسباب التي جعلت الاختيار يقع عليه من ضمن الشخصيات الأربعة التي كانت مرشحة للمنصب والتي القي عليه الضوء في الأيام الماضية منذ وفاة د. محمد سيد طنطاوي وحتى قرار التعيين . وللدكتور فتاوى كثيرة مثيرة للجدل، فهو يرى أن النقاب عادة من العادات كالزى العربي القديم، وأن الفريضة هي الحجاب. وشدد في جانفي 2010 علي ضرورة خلع طالبات الأزهر للنقاب داخل لجان الامتحانات وداخل الحرم الجامعي، مبرراً قراره بأن المراقبات علي الطالبات من السيدات وأنه لا داعي لارتداء النقاب وكانت له فتاوى كثيرة مثيرة للجدل منها علي سبيل فتوى بإباحة بيع المسلم في بلد غير المسلمين للخمور لغير المسلمين، وهو الأمر الذي أثار حفيظة عدد كبير من العلماء المسلمين، أجاز تحنيط الموتى، إجازته للمرأة أن تؤم الرجال في الصلاة، و أباح الرشوة مؤكداً أنها حلال في حال إذا كان ضروريا، وأكد أن التصويت علي التعديل الدستوري فرض عين . يعرف الطيب بعلاقته غير الجيدة مع الأخوان المسلمين من خلال تعامله مع طلاب الإخوان المسلمين بجامعة الأزهر أثناء رئاسته لها، حيث عرف عنه شدة العداء لطلاب الإخوان بلا مبرر ، فعندما قام الطلاب بمناشدة الدكتور الطيب بالتدخل للإفراج عن 25 من طلاب كلية التربية الذين تم اعتقالهم في أواخر عام 2007 بدون أي ذنب اقترفوه، رد الطيب بالقول : إنه لا يريد طلاب الإخوان بالجامعة، وعندما ردَّ عليه أحد الطلاب قائلاً: إن الجامعة صدرها يسع الجميع، ردَّ قائلاً: إن الجامعة تَسَعُ أيَّ شخص، حتى اليهود ، ولكنها لا تسع طلاب الإخوان.