أثارت تصريحات شنودة بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، والخاصة بعدم اعتذاره عن تصريحات بيشوي الّتي زعم فيها تحريف القرآن الكريم، موجة غضب واستنكار واسعة من الكثير من المثقفين والأدباء، معتبرين أنّ عدم اعتذار شنودة معناه موافقته على آراء بيشوي. قال المستشار طارق البشري إنّ عدم اعتذار شنودة عن تصريحات بيشوي، معناه موافقته على آرائه الّتي شكّك فيها في القرآن الكريم. مؤكّدًا أنّ تصريحات بيشوي تلحق شنودة شخصيًا، نظرًا لاختيار البابا لبيشوي وتقليده إيّاه عددًا من المناصب الحيوية.. فهو سكرتير المجمع المقدس ويرأسه في غيابه، ورئيس لجنة التّأديب، وأسقف دمياط، وهو على رأس الكنيسة من بعد شنودة. وأضاف البشري -تعليقًا على نفي شنودة اعتذاره- إنّ البابا أبدى أسفه على رد أفعال المسلمين، وليس على مزاعم بيشوي، وشكّك في الصواب الصحفي، رغم اعتراف بيشوي بنفسه بتضمّن هذه المزاعم كتابه.. إنّنا ننتظر من الكنيسة المصرية المعروفة بمواقفها الوطنية مراعاة حرمة الجماعة الوطنية، بحسب يومية الشروق المصرية المستقلة. ومن جانبه، قال الدكتور عبد المعطي بيومي عضو مجمع البحوث الإسلامية إنّه حتّى لو اعتذر البابا على كلام الأنبا بيشوي مع كلّ ما قيل في الآونة الأخيرة، ''فإنّه لَن يقدم أو يؤخّر في الحقيقة ولا تزيل ما علق في أذهان المسلمين وما جرح مشاعرهم بشكل كاف وحقيقي، لأنّنا أمام إساءة للقرآن الكريم ولا تكفي لرد هذه الإساءة الاعتذار أو الأسف''، وتساءل ''فهل يأسف للإساءة للقرآن؟!''. وأوضح بيومي أنّ المشكلة هي الفكر الكنسي منذ تولي البابا شنودة، وأنّ هذا الفكر قد أعلن واتّضح لجميع المسلمين والمسيحيين، وظهر الخطر الّذي يمثّله هذا الفكر على المصريين منذ اعتلائه الكرسي البابوي.
