الخلاف يعود إلى تواجد الاستعمار البريطاني الذي لعب على الخلافات العرقية والدينية واللغوية، حيث فرقت بريطانيا في التعليم بين الشمال والجنوب. و بعد مغادرتها السودان في 1955 طالب الجنوبيون بنظام خاص داخل الدولة السودانية، لكن الحكومة المركزية رفضت. في نفس السنة تمردت فرقة جنوبية من الجيش السوداني بتحريض بريطاني. وفي 1958 بعد اعتلاء إبراهيم الأزهري الحكم قامت حكومة الخرطوم بتأديبهم، مما جعل بعض الأحزاب بالجنوب تطالب بالاستقلال. ثم تأسست حركة أنانيا المتمردة في .1963 فعقد مؤتمر المائدة في 1965 لتسوية الخلاف، تلته اتفاقية أديس أبابا في 1972 التي أعطت الحكم الذاتي لجنوب السودان. لكن الرئيس جعفر النميري اتخذ تدابير في 1983 أطاحت بقرارات الاتفاق، ثم بعث جون كرنغ لتأديب المتمردين. لكن هذا الأخير التحق بهم وأسّس الحركة الشعبية لتحرير السودان وأعلن عن تأسيس جنوب علماني داخل سودان موحد. وفي 1985 بعد الإطاحة بالنميري، تمت محاولة بين الصادق المهدي وكرنغ انتهت بإبرام اتفاق بين كرنغ والمرغيني في أديس أبابا. لكن الانقلاب الذي قام به عمر البشير في 1989 أعطاه انتصارات عسكرية على الجنوبيين. في جانفي 2005 أبرم اتفاق كينيا بين الشمال والجنوب يقضي بإجراء استفتاء في الجنوب. وفي غياب رسم الحدود النهائية وتحديد مصير منطقة أبيي النفطية التي تقطنها قبيلتان أساسيتان، واحدة من رُحل المسيرية العرب والدنكة الإفريقيين، يبقى الطريق إلى التسوية النهائية طويلا وشاقا.