حددت إيرادات ونفقات الصندوق الوطني للمياه عن طريق مرسوم وزاري مشترك وقعه وزير المالية ووزير الموارد المائية والبيئة ونشر في العدد رقم 6 للجريدة الرسمية. وحسب النص تتعلق النفقات التي سيتم التكفل بها من خلال صندوق التخصيص الخاص هذا بأنظمة التعبئة والتحويل والتزويد بالمياه الصالحة للشرب والتطهير والري الفلاحي وباستثمارات تهيئة أو اقتناء التجهيزات والمعدات الضرورية الناتجة عن خلل تقني كبير أو نقص غير متوقع في المياه. وينبغي على الهيئات والمؤسسات العمومية المستفيدة من هذه العمليات أن تكتتب دفتر شروط يتم إعداده مع الإدارة الوصية ويبين بدقة الأعمال القابلة للتمويل من قبل هذا الصندوق وكذا كيفيات المراقبة المتصلة بتنفيذ النفقات العمومية. ويكلف الصندوق الوطني للمياه أيضا بتمويل المساهمات بعنوان استثمارات التوسيع والتجديد والتجهيز بالإضافة إلى المخصصات لفائدة سلطة ضبط الخدمات العمومية للمياه. وتتعلق هذه النفقات أيضا بالأعمال المحفزة لاقتصاد المياه المنزلية والصناعية والفلاحية وكذا الحفاظ على نوعيتها. وبالنسبة للإيرادات فمصدرها ناتج الأتاوة المترتبة على المصالح والهيئات والمؤسسات العمومية التابعة للدولة والجماعات الإقليمية المكلفة بالتزويد بالمياه الصالحة للشرب والمياه الصناعية بعنوان امتياز تسيير المنشآت العمومية لإنتاج المياه الصالحة للشرب ونقلها وتوزيعها. ويمول الصندوق أيضا عن طريق الهبات والوصايا وناتج الأتاوة المستحقة عن الاستعمال بمقابل للأملاك العمومية للمياه المعدنية ومياه المنبع. وتأتي الإيرادات الأخرى من حصة ناتج الأتاوة المستحقة بعنوان الاستعمال بمقابل للأملاك العمومية للمياه باقتطاع الماء لاستعماله لغرض صناعي وسياحي وخدماتي. ويتعلق الأمر أيضا بحصة من ناتج الأتاوة المستحقة على الاستعمال بمقابل للأملاك العمومية للمياه باقتطاع الماء من أجل حقنه في الآبار البترولية أو استعمالات أخرى في ميدان المحروقات. كما يوضح المرسوم أيضا أن الصندوق الوطني للمياه ممول من ناتج أتاوة اقتصاد المياه وأتاوة الحفاظ على نوعية المياه.