حددت إيرادات ونفقات الصندوق الوطني للمياه عن طريق مرسوم وزاري مشترك وقعه وزيرا المالية والموارد المائية والبيئة. أوضح نص المرسوم الذي نشر في العدد رقم 6 من الجريدة الرسمية، أن النفقات التي سيتم التكفل بها من خلال صندوق التخصيص الخاص تتعلق بأنظمة التعبئة والتحويل والتزويد بالمياه الصالحة للشرب والتطهير والري الفلاحي، وباستثمارات تهيئة أو اقتناء التجهيزات والمعدات الضرورية الناتجة عن خلل تقني كبير أو نقص غير متوقع في المياه، مشيرا إلى أنه ينبغي على الهيئات والمؤسسات العمومية المستفيدة من هذه العمليات أن تكتتب دفتر شروط يتم إعداده مع الادارة الوصية يبين بدقة الأعمال القابلة للتمويل من قبل هذا الصندوق، وكذا كيفيات المراقبة المتصلة بتنفيذ النفقات العمومية. كما أبرز المرسوم ذاته أن الصندوق الوطني للمياه يكلف أيضا بتمويل المساهمات بعنوان إستثمارات التوسيع والتجديد والتجهيز، بالاضافة إلى المخصصات لفائدة سلطة ضبط الخدمات العمومية للمياه، وتتعلق هذه النفقات أيضا بالأعمال المحفزة لإقتصاد المياه المنزلية والصناعية والفلاحية، وكذا الحفاظ على نوعيتها. أما فيما يخص الإيرادات فمصدرها ناتج الإتاوة المترتبة على المصالح والهيئات والمؤسسات العمومية التابعة للدولة، والجماعات الاقليمية المكلفة بالتزويد بالمياه الصالحة للشرب والمياه الصناعية، بعنوان إمتياز تسيير المنشآت العمومية لانتاج المياه الصالحة للشرب ونقلها وتوزيعها. في السياق ذاته أضاف المصدر نفسه أن الصندوق هذا يمول أيضا عن طريق الهبات والوصايا وناتج الاتاوة المستحقة عن الاستعمال بمقابل للأملاك العمومية للمياه المعدنية ومياه المنبع، وتأتي الايرادات الأخرى من حصة ناتج الإتاوة المستحقة بعنوان الإستعمال بمقابل للأملاك العمومية للمياه باقتطاع الماء لإستعماله لغرض صناعي وسياحي وخدماتي، ويتعلق الامر أيضا بحصة من ناتج الإتاوة المستحقة على الاستعمال بمقابل للأملاك العمومية للمياه باقتطاع الماء من أجل حقنه في الآبار البترولية أو استعمالات أخرى في ميدان المحروقات. هذا كما أوضح المرسوم أيضا أن الصندوق الوطني للمياه ممول من ناتج إتاوة إقتصاد المياه وإتاوة الحفاظ على نوعية المياه.