اعتراضات سعودية على رابطة الجوار وأردنية على مفوضية القدس برزت عناوين مثيرة للخلافات والتقاطعات وأحيانا بعض التشنجات حتى فيما يخص الملف الاساسي للقمة وهو ملف الاوضاع في مدينة القدس بالرغم من دعوات يافطات القذافي لنبذ الخلافات والبحث في التحديات. أظهر وزير الخارجية المصري، أحمد أبو الغيط، تحديا واضحا لأي مشاريع محتملة بعنوان تدوير موقع الأمانة العامة للجامعة العربية، وبعد نقاش مسائي في هذه المسألة انسحب أبو الغيط من الاجتماع الوزاري والتقى الصحافيين فورا مصرحا بأن الامانة العامة لن تكون الا في دولة المقر، وذلك ردا فيما يبدو على توصية جزائرية بالخصوص دعمتها سورية وتونس. أثار اقتراح الامين العام للجامعة العربية، عمرو موسى، بخصوص تأسيس مفوضية لشؤون القدس في مقر الجامعة العربية جدلا عاصفا بين بعض وزراء الخارجية العرب. ورفض الاردن بشكل خاص هذا المقترح بسبب مساسه المحتمل بمبدأ ولايته الدينية على المقدسات الاسلامية في القدس، وفيما تحفظ وزير الخارجية الاردني ناصر جودة على الاقتراح عارضه أيضا الوفد المغربي في اجتماعات التحضير الذي أشار إلى وجود هيئة عربية متاحة تحمل اسم القدس مقرة عربيا. وأثار مشروع دول رابطة الجوار الذي قدمه للاجتماع الوزاري العربي عمرو موسى الحصة الاكبر من النقاش والجدل في اجتماعات التحضير؛ حيث حرص موسى على طرح الموضوع في جلسة سرية مغلقة تحدث فيها، حسب مصادر وزارية عربية، عن ضرورة تنمية علاقات العرب بإيران وتركيا عبر مؤسسة إقليمية موازية وقوية باسم رابطة الجوار العربي مناشدا الوزراء العرب الموافقة على خطته في هذا الاتجاه لأنها ستساعد، كما قال، في تعزيز الجهد العربي وستخلق توازنا نوعيا لصالح الموقف العربي.