حمل الجيش الاندونيسي مسؤولية تسليح وتمويل المليشات التي ارتكبت معظم الانتهاكات أقرت اندونيسيا بارتكاب تجاوزات خلال استفتاء تيمور الشرقية حول استقلالها في 1999، حيث قتل حوالي ألف شخص، وعبر الرئيس سوسيلو بامبانغ يودهونويو عن أسف بلاده لتلك الأحداث قائلا انه ينبغي التعلم من الماضي، لكنه لم يعتذر عنها، وجاءت تصريحات يودهونويو خلال قراءة تقرير لجنة ثنائية "للحقيقة والصداقة" بحضور نظيره التيموري خوسي راموس هورتا في منتجع بالي الاندونيسي• وقد قتل حوالي ألف شخص أثناء تلك الأحداث، كما تعرض الكثيرون للتعذيب والاغتصاب والتهجير• والجدير بالذكر أن هذه أول لجنة مصالحة ثنائية في العالم، وقد حمل تقريرها الجيش الاندونيسي مسؤولية تسليح وتمويل وتنظيم المليشيات التي ارتكبت معظم الانتهاكات• وقد قبل كل من يودهونويو وهورتا نتائج التحقيق وعبروا عن استعدادهم لطي صفحة الماضي دون الاهتمام بمقاضاة أي طرف من الأطراف، لكن المحللين يقولون أن صدور هذا التقرير قد يشجع العديد من الضحايا وذويهم على التقدم بشكاوى، يذكر انه قبل صدور هذا التقرير كانت اندونيسيا تصر على أن أعمال العنف كانت أحداثا متفرقة، وقالت مصادر إخبارية في بالي أن هناك التقرير يحوي عددا من النقاط يصعب على الضحايا تقبلها، منها على سبيل المثال أن مجموعات استقلالية ارتكبت انتهاكات هي الأخرى، رغم كونها اقل عددا وجديا بكثير