طلب بابا الفاتيكان، الاثنين، المغفرة "لخطايا وإخفاقات الكنيسة" خلال الإبادة الجماعية في رواندا عام 1994 وعبر عن أمله في أن يساعد اعتذاره على تضميد جراح البلد الواقع في وسط إفريقيا. لكن حكومة رواندا أشارت إلى أنها تشعر بأن الاعتذار ليس كافياً وقالت إن الكنيسة المحلية لا تزال متواطئة في حماية مرتكبي الإبادة الجماعية. وفي اجتماع مع بول كاغامي رئيس رواندا قال البابا فرنسيس، إن كهنة ومؤمنين كاثوليك شاركوا في المذابح التي راح ضحيتها نحو 800 ألف شخص من أقلية التوتسي بالإضافة إلى المعتدلين من أغلبية الهوتو. وقال الفاتيكان في بيان، إن البابا "توسل مجدداً إلى الله طلباً للمغفرة لذنوب وإخفاقات الكنيسة وأفرادها ومن بينهم كهنة ورجال ونساء متدينون استسلموا للكراهية والعنف". وكرر بيان رواندي رسمي اتهام الحكومة للكاثوليك بالتواطؤ في المذابح. وقال بيان الحكومة: "اليوم ما زال إنكار وتسفيه الإبادة الجماعية يجد دعماً في بعض الجماعات داخل الكنيسة وتتم حماية المشتبه بهم في الإبادة الجماعية من مواجهة العدالة داخل مؤسسات كاثوليكية". وقاد كاغامي، وهو من التوتسي، مجموعة مسلحة سعت لوقف أعمال القتل في عام 1994 وانتشرت اتهامات تشير إلى أن بعض الكهنة والراهبات شاركوا في أعمال القتل. وارتكبت بعض أقبح المجازر في كنائس وبعثات تبشيرية وأبرشيات لجأ إليها التوتسي أثناء ملاحقة المسلحين الهوتو لهم. وأمرت محكمة تابعة للأمم المتحدة في 2006 بسجن كاهن كاثوليكي سابق 15 عاماً لإصداره الأمر إلى جرافات بهدم كنيسة، مما أسفر عن مقتل 2000 شخص كانوا يحتمون داخلها. وقالت السلطات الرواندية، إن رجال دين آخرين ممن تورطوا في أعمال القتل سُمح لهم ببدء حياة جديدة في أوروبا وإن الكنيسة تحميهم. وأصدرت محكمة عسكرية رواندية حكماً غيابياً بسجن كاهن مدى الحياة بتهم الاغتصاب وتسليم لاجئين من التوتسي من كنيسته لميليشيات قامت بعد ذلك بقتلهم.