أثار القرار المصري بوضع خمس دول عربية وهي الجزائر واليمن والعراق والصومال وموريتانيا ضمن القائمة السوداء كدول راعية للإرهاب بسبب وجود تنظيم "القاعدة" بها ردود فعل واسعة، حيث أكد عدد من الخبراء والمختصين أن هذا القرار يسيء للعلاقات العربية وأنه لا وجود حقيقي لتنظيم القاعدة في المنطقة العربية. وفي استطلاع للرأي أجريناه حول هذا الموضوع قال ممدوح إسماعيل محامي الجماعة الإسلامية أن هذا القرار يسيء لعلاقة مصر مع الدول العربية المدرجة اسمها ضمن تلك القائمة، مضيفا أن مصر بهذا القرار تروج للدعاية الأمريكية بوجود خطر لتنظيم القاعدة في المنطقة حتى تبرر للولايات المتحدة التدخل. وعقب الدكتور عبدالله الأشعل مساعد وزير الخارجية المصري السابق على القرار المصري بأنه قرار تقف وراءه الولاياتالمتحدة لتدمير العلاقات بين مصر والدول العربية، ورغم أن لمصر الحق في الحفاظ على أمنها بالطرق التي تراها إلا أن ذلك يجب أن لا يكون على حساب علاقة مصر بالدول العربية، وأرى أنه لا وجود لتنظيم القاعدة لأن هذا التنظيم من صنع الموساد الإسرائيلي والمخابرات الأمريكية واللذين دبرا أحداث 11 سبتمبر لتبرير التدخل في المنطقة، ومن الملاحظ أن الانفجارات التي حدثت في مصر خلال السنوات الماضية في طابا وشرم الشيخ ودهب في ثلاث سنوات متتالية وفي نفس الموعد، كانت من تدبير الموساد وليس القاعدة، ولذا فنحن نطالب بعقد مؤتمر دولي للأنتربول لمناقشة الأعمال الإرهابية التي يقوم بها الموساد الإسرائيلي. ويتفق اللواء فؤاد علام وكيل جهاز مباحث أمن الدولة السابق مع ما قاله الدكتور عبدالله الأشعل، مؤكدا أن "القاعدة" تنظيم مشبوه تدبره الصهيونية العالمية وأنه لا وجود لهذا التنظيم عمليا منذ عشر سنوات عندما حاصرته الولاياتالمتحدة في أفغانستان وأن المجموعات التي تحمل اسم التنظيم في السعودية ومصر واليمن ودول المغرب العربي لا تزال مجموعات محلية لا يوجد رابط تنظيمي يجمعها. وأضاف الدكتور عبد الخالق فاروق الباحث السياسي أن الحكومة أثارت موضوع تنظيم القاعدة وتهديداتها لمصر لممارسة الضغوط على تيارات الإصلاح وتعرض ظروفا اقتصادية وعرة لإبعاد الناس عن الفساد السياسي والاقتصادي الذي تعيشه مصر حاليا.وحمل الدكتور فريد إسماعيل عضو الكتلة البرلمانية للإخوان المسلمين مسؤولية السماح للموساد الإسرائيلي بالعبث بأمن مصر، وهو ما أفصح عنه رئيس المخابرات العسكرية الإسرائيلية السابق والذي أكد أن عددا من الدول العربية وعلى رأسها مصر أصبحت مرتعا خصبا لأعمال الموساد الإسرائيلي.
