يتّضح من مسمّى المسجد وجود علاقة بينه وبين ما مرَّ به المسلمون من الصّلاة أوّلاً إلى بيت المقدس، ثمّ نسخ ذلك بالأمر بالتوجّه إلى المسجد الحرام، بقوله تعالى: ''قد نرى تَقَلُّبَ وجْهِك في السّماء فلنولينك قِبْلَة ترضاها فَوَلِّ وجْهَك شطر المسجد الحرام وحيثُما كُنتم فَوَلُّوا وُجوهَكُم شطره وإنّ الّذين أُوتُوا الْكِتاب ليَعْلَمُون أنّه الحق من ربّهم وما الله بغافل عمّا يعملون'' البقرة144، ذلك أنّ الله عزّ وجلّ لمّا أنزل على نبيّه الأمر بالتوجّه إلى المسجد الحرام، أرسل رسول الله صلّى الله عليه وسلّم مناديًّا يبلغ المسلمين في أطراف المدينة أنّ القبلة قد حُوِّلت، فلمّا جاء إلى محلة بني حرام من بني سلمة وجدهم وهم ركوع في صلاة الفجر وقد صلُّوا ركعة، فنادى أَلاَ إنّ القبلة قد حوّلت، فمالوا كما هم نحو القِبلة. كما روى ذلك مسلم في صحيحه. ومنذ ذلك الحين والمسجد يدعى بهذا الاسم. ويقع مسجد القبلتين في الجنوب الغربي، قرب وادي العقيق وفوق رابية مرتفعة قليلاً، ويبعد عن المسجد النّبويّ قرابة خمس كيلومترات بالاتجاه الشمالي الغربي، وقد جُدد بناؤه مرّات عديدة، ولعلّ آخرها ما قامت به شركة ابن لادن من توسعته وتجديده، فجعلته طابقين، الطابق الأرضي يشمل مصالح المسجد، والطابق العلوي للصّلاة، ويبلغ مساحته 1190 متر مربع، وخُصّصت شرفة واسعة مساحتها 400 متر مربع للنساء، تطل على ساحة المصلّى، ورواق لتحفيظ القرآن الكريم، كما أقيم بجانبه فناء داخلي، غُرس بالأشجار.