لم يجد، محمد عيسى، وزير الشؤون الدينية والأوقاف، من سبيل للتعامل مع الفتاوى التي يصدرها الشيخ علي عية، والتي تصبّ كلها ضد توجهات ورغبات الوزارة، على غرار حكم صيغة مساكن «عدل» وأموال الزكاة وغيرها، سوى العمل على تجميد كل صلاحيات الشيخ الذي كان يشغل منصب إمام أستاذ بالمسجد الكبير في العاصمة ونائب رئيس المجلس العلمي، حيث منعه من إلقاء خطبة الجمعة وإلقاء الدروس، وحتى الصلاة بالناس، إذ لم يبق للشيخ سوى راتبه مقابل الصلاة بالصف الأول بدون السماح له بالتدخل في أي شيء من شؤون المسجد، وذلك لا لشيء سوى لأنه صدع بكلمة حق في مسائل شرعية لم توافق رأي الوزارة والمجلس العلمي الذي يعد هو نائبا لرئيسه .