C'est justement pour prévenir une occupation par les Espagnols, qui ont imposé en 1511 à la ville un traité de capitulation, que les Turcs prennent Mostaganem et en font une place forte contre les occupants, installés à Oran. Après leur défaite à Mazaghran, les Espagnols vont renoncer à prendre la ville. L'importance de Mostaganem n'a cessé de s'affirmer depuis le XVe siècle. L'arrivée de milliers d'Andalous, chassés d'Espagne par la Reconquista, va donner un grand élan à l'agriculture et à l'artisanat. C'est de cette époque que datent les grandes exploitations agricoles qui vont faire la renommée de la ville et des villages des environs, comme Tigdit, Matmor et Mazaghran. Kheyreddine, l'un des frères Barberousse, l'agrandit et l'entoure de murailles imposantes, dont il reste encore quelques vestiges. Au nord de l'actuelle place du 1er-Novembre-1954, se trouvait le quartier turc de Tobbana, en turc Top Hana, lieu où était disposée la batterie qui surveillait le port. Mostaganem est toute désignée pour être la capitale du beylik de l'ouest : elle gardera cette fonction jusqu'à l'évacuation d'Oran par les Espagnols, en 1792. Les Turcs feront transférer une partie de la population de Mostaganem à Oran, la nouvelle capitale, qu'il fallait repeupler.