الأمر الذي بات يشكل خطرا على المخطوطات المتواجدة بها، بعد إتلاف عدد منها بعد عملية النهب التي تعرضت لها الزاوية من قبل المستعمر لطمس تاريخ المنطقة وحضارتها، ولم يعد متوفرا بها إلا 200 مخطوط فقط. وقال السيد طاهري مبارك رئيس خزانة الزاوية القندوسية إن وضعية المخطوطات اليوم تتطلب رعاية خاصة لنفض الغبار عنها وجعلها في متناول الباحثين والطلبة كمرجع بعد حفظها في أقراص مضغوطة، وهو ما نفتقر إليه، كما نحتاج إلى رفوف لوضع الكتب عليها وإنشاء قاعة للمطالعة وتصوير المخطوطات ودعم الزاوية بأجهزة الإعلام الآلي والسكانير وذلك جراء الدور الكبير الذي لعبته من خلال نشر تعاليم الدين بين المسلمين أو من خلال نشاطات أخرى، حيث تخرج منها آلاف الطلبة وتقام فيها حاليا دروس فكرية من قبل أساتذة جامعيين مع شرح الموطأ للإمام مالك كل جمعة. وإلى جانب الزاوية القندوسية لولاية بشار هنالك أيضا زاوية سيدي بلعميش وزاوية كرزاز. وأعلن من جهته محدثنا أن وزير الاتصالات السيد بوجمعة هيشور قام بتقديم المساعدة لإحياء الموروث الفكري للزاوية لكن الجهات الوصية لم تحرك ساكنا.