حمّل الاتحاد الدولي للصحفيين إسرائيل مسؤولية سلامة الصحفيين والإعلاميين الذين كانوا على متن سفن أسطول الحرية، مطالبا المجتمع الدولي "بالرد فورا على هذه الفضيحة". وعبر الاتحاد في بيان له الاثنين عن صدمته لأنباء الهجمات الإسرائيلية الوحشية ضد المدنيين خلال الهجوم على سفن أسطول الحرية التي حاولت خرق الحصار العسكري المفروض على غزة، ودعا إلى إجراء تحقيق دولي عاجل في المجزرة الإسرائيلية على أسطول الحرية، مع رفع التعتيم عن المعلومات بخصوص الضحايا والجرحى ومصير المعتقلين بينهم الصحفيون والإعلاميون. وما زاد من القلق بين أولياء وأصدقاء مرافقي الأسطول، حسب الاتحاد الدولي، هو حفاظ السلطات الإسرائيلية على السرية فيما تعلق بعدد ضحايا الهجوم بما فيهم العاملين في الإعلام. وضمّ جيم بوملحة رئيس الاتحاد الدولي للصحفيين صوت الاتحاد إلى الاتحاد الأوروبي في المطالبة بإجراء تحقيق شامل مستقل تكون له مصداقية، مدينا "أي محاولة للتعتيم والرقابة على المعلومات من قبل السلطات الإسرائيلية التي تمنع الصحفيين من تغطية الحدث مثلما جاء". وقال الأمين العام للاتحاد الدولي للصحفيين ايدين وايت من جهته إن الاتحاد سيبادر من جهته في التحقيق في الحادث لرفع تقرير للاجتماع الخاص لمجلس الأممالمتحدة لحقوق الإنسان الذي يعقد بجنيف، خاصة وأن الأممالمتحدة أبرزت حقوق الصحفيين في مناطق الصراع وعليه "لا يمكن البقاء متفرجين عندما تخرق هذه الحقوق". من جهتها، طالبت منظمة مراسلون بلا حدود السلطات الإسرائيلية بالإفراج عن الصحفيين المحتجزين والسماح للإعلاميين بالوصول إلى غزة، "لحاجة المجتمع الدولي الماسة إلى معرفة التفاصيل الدقيقة على هذه الأرض الفلسطينية". وأدانت المنظمة بأشد العبارات الهجوم الإسرائيلي على الأسطول الإنساني الذي كان يتوجه إلى قطاع غزة ناقلاً 750 ناشط مناصر للفلسطينيين وعدة صحافيين يوم 31 ماي 2010 ومحاولات الرقابة المرافقة لهذا الهجوم. وأعلنت المنظمة بهذا الخصوص استنكارها "الهجوم الذي أسفر عن عدد هائل من القتلى والجرحى"، مدينة تعرض الصحفيين على متن الأسطول وغيرهم من الناشطين، لخطر بالغ بهذا العمل غير المتكافئ بين من كانوا يؤدون واجبهم الإعلامي والمعتدين. أما منظمة العفو الدولية فدعت إلى فتح تحقيق دولي في الوفيات الذي تسببت بها الغارة الإسرائيلية على أسطول المساعدات في المياه الدولية قبالة ساحل غزة. وقال الأمين العام المؤقت لمنظمة العفو الدولية كلاوديو كوردوني "نظراً للطبيعة الدولية لهذه الحادثة وانعدام التحقيقات الإسرائيلية ذات المصداقية في انتهاكات حقوق الإنسان في سياق نزاع غزة، فإن ثمة ضرورة لمباشرة تحقيق دولي فوراً"، مضيفا أن "المسؤولية الأولية عن التحقيق في استخدام القوة المميتة، وكذلك في ادعاءات المسؤولين الإسرائيليين بأن القوات الإسرائيلية هوجمت بطيف من الأسلحة تقع على عاتق السلطات الإسرائيلية"، لكن لضمان المصداقية والشفافية الكاملة تقول المنظمة "ينبغي على إسرائيل دعوة خبراء الأممالمتحدة ذوي الصلة للقيام بالتحقيق في أحداث 31 ماي". ودعت إسرائيل إلى "الذهاب إلى أبعد من إفساح المجال لمثل هذا التحقيق برفع الحصار عن غزة بلا إبطاء" باعتبار ذلك "ليس سوى عقوبة جماعية مخالفة للقانون الدولي، وتلحق الضرر بصورة أساسية بالفئات الأشد ضعفاً من السكان".
