يشتكي طلبة جامعة الوادي من عديد المشاكل التي ربطوها بسوء التنظيم والتسيير، خاصة فيما يتعلق بالمكتبة المركزية للجامعة التي باتت تكتظ، حسبهم، بالطلبة والعمال، في حين ينبغي أن تكون مكانا للدراسة فقط، ناهيك عن التماطل الكبير في تقديم الخدمات للطلبة· كما تحدث الطلبة عن مشكل الإطعام، فحسب عدد من الطالبات، فإن الغياب الكلي للتنظيم وكذا قلة جودة الوجبات يجبرهن في العديد من المرات على اقتناء وجبات من الخارج· وقد طالبنء بضرورة تدخل الإدارة لإعادة هيكلة وتنظيم أمورهم الداخلية، مهددين بالتصعيد من خلال مراسلة الوزارة من أجل وضع حد لمعاناتهم جراء سوء التسيير، على حد وصفهم·