قال رئيس مجلس الأمن القومي الاسبق في الكيان الإسرائيليغيورا ايلاند فوز مرسي "سيفاقم المخاطر الاستراتيجية علينا في حال سقط نظام الأسد في المستقبل". أما إذاعة الكيان الصهيوني فاعتبرت فوز مرسي صدمة كبيرة في إسرائيل بعد أن تلقت تطمينات من واشنطن بفوز شفيق في جولة الإعادة من الرئاسيات المصرية . واعترف معلق الإذاعة العبرية بقوة الشعب المصري في إصراره على التغيير وقال يجب رفع القبعة للمصريين رغم شعورنا بالمرارة لاختياره مرسي تحديدا. أما وزير الخارجية الإسرائيلي ليبرمان فقال "إن مصر أصبحت أخطر مئات المرات من إيران، ويجب أن نستعد للواقع الجديد". وأكد مراسل تلفزيون الكيان الإسرائيلي في واشنطن أن جهود هائلة بذلتها العديد من الدول من وراء الكواليس لإنجاح شفيق في سباق الرئاسة المصرية.